Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) UIN Syarif Hidayatullah Jakarta atau Quality Assurance Institute (QAI) bekerja untuk mengkoordinasikan, mengendalikan, mengaudit, memantau, menilai, dan mengembangkan mutu penyelenggaraan kegiatan akademik di lingkungan UIN Jakarta.
Setiap Perguruan Tinggi dituntut untuk bekerja dengan mengacu kepada standar mutu. Perguruan tinggi yang bermutu umumnya lahir karena komitmen luar biasa para pemimpinnya, bersama para dosen, tenaga kependidikan, juga para mahasiswanya. Yaitu suatu komitmen tinggi yang kemudian diwujudkan secara jelas dalam visi, misi, tujuan, rencana strategis, standar yang ingin capai, kepemimpinan, organisasi, sumberdaya serta kerjasama. Untuk meningkatkan mutu peranannya dalam dunia akademik dan sosial, UIN Syarif Hidayatullah Jakarta terus berbenah diri. Sejak 2003, UIN Syarif Hidayatullah Jakarta menegaskan untuk bergeser dari teaching university menjadi research university. Universitas riset bukan hanya lembaga pengajaran (teaching institution) atau lembaga yang hanya mengalihkan pengetahuan yang telah menjadi standar, melainkan sebuah perguruan tinggi di mana seluruh aktivitas civitas academica-nya mencurahkan perhatian penuh pada upaya-upaya menciptakan dan memajukan ilmu pengetahuan. Menyadari faktor-faktor di atas, maka mengisyaratkan UIN sudah waktunya mengambil peran akademik yang lebih besar. Dalam rangka mengkonsolidasikan diri sejalan dan mendukung sebagai universitas riset, Rektor UIN Syarif Hidayatullah Jakarta pada 18 Mei 2004 membentuk unit peningkatan mutu yang bernama Center for Quality Development and Assurance (CeQDA) atau Pusat Peningkatan dan Jaminan Mutu (PPJM) UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Sejak saat itu, PPJM merupakan bagian penting dari upaya peningkatan mutu perguruan tinggi secara keseluruhan. PPJM adalah elemen yang diharapkan berperan untuk memperjelas, menumbuhkan, mengkonsolidasi, mempercepat, mensistematisasikan serta melembagakan gerakan mutu pendidikan tinggi. Sejak 2008, PPJM menjadi LPJM (Lembaga Peningkatan dan Jaminan Mutu), transformasi ini dilakukan mengingat adanya tuntutan dari praktek baik (best practice) sistem penjaminan yang mengandaikan bahwa unit jaminan mutu harus ada mulai dari tingkat universitas, fakultas, hingga program studi. Sejak diterbitkannya Peraturan Menteri Agama RI Nomor 06 Tahun 2013 tentang Organisasi Tata Kerja UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, LPJM berubah menjadi Lembaga Penjaminan Mutu (LPM). Ketua LPM dibantu Sekretaris dan 2 Kepala Pusat.